در سال1357 با پیروزی انقلاب، عملیات ساخت این نیروگاه‌ها از جانب کشورهای غربی متوقف شد و حکومت جمهوری اسلامی در اوایل انقلاب با ساخت نیروگاه و پروژه هسته‌ای مخالف بود^[7][8] برای مثال در 26 خرداد سال 1358 مقاله‌ای با عنوان نیروگاه‌های هسته‌ای: خیانت به خلق ما در روزنامه جمهوری اسلامی چاپ شد در متن این مقاله با ذکر این نگرانی که «این احتمال وجود دارد که در ایران منابع قابل توجه اورانیوم وجود نداشته باشد» تبدیل شدن کشور «به یک مصرف‌کننده وابسته به غرب» به عنوان یکی از دلایل مخالفت با نیروگاه‌های هسته‌ای ذکر شده است. از آن زمان تا سال 1381 (2002) میلادی اخبار جامعی از فعالیتهای این حوزه به صورت رسمی منتشر نشد.^[9][10]

همچنین در طول جنگ ایران و عراق تأسیسات موجود چندین بار مورد حمله هوایی عراق قرار گرفت، که در اثر آن آسیب‌هایی به تجهیزات و ساختمان‌های موجود وارد شد.

در تاریخ 18 دی ماه 1373 قرارداد تکمیل و راه‌اندازی واحد یک نیروگاه اتمی بوشهر به صورت مشارکتی بین ایران و روسیه منعقد گردید و در مرداد 1377 بار دیگر این قرارداد مورد بازبینی کلی قرار گرفت و ساخت نیروگاه به صورت کلید در دست به شرکت Atom Stroy Export روسیه محول شد و قرار بود تا آغاز سال 2000 (زمستان 1378) به پایان برسد. این موعد نزدیک به 10 سال است که به طور مداوم و به دلایل مختلف به تأخیر می‌افتد. بنا به گفته مقامات رسمی ایران قرار بود این نیروگاه در میانه سال 2009 (تابستان 1388) به بهره‌برداری صنعتی برسد.^[11]

بعد از روی کار آمدن ولادیمیر پوتین وی تلاش کرد سیاست مستقلی از آمریکا برای کشورش تدارک ببیند. از این رو درصدد برقراری مجدد رابطه با کشورهایی برآمد که روسیه سال‌ها از آنها فاصله گرفته بود. از این رو بعد برقراری مجدد روابط دیپلماتیک با ایران، روسیه به همکاری در پروژه‌های عمرانی ایران علاقه‌مند شد که یکی از مهمترین آنها نیروگاه بوشهر بود و پوتین دستور به همکاری برای ادامه ساخت نیروگاه اتمی بوشهر را صادر کرد. این پروژه اساس همکاری‌های در حوزه انرژی ایران و روسیه را تشکیل داد